Houve relatos no passado de problemas com o freebsd e o mongo relacionados a arquivos mapeados na memória.
Eu recomendaria fazer um teste de desempenho com base em seu aplicativo real. Execute-o no MacOS e no FreeBSD. Se o FreeBSD é mais lento, então algo está errado. Se seu banco de dados for maior que a RAM, certifique-se de testar esse caso, que é provavelmente o cenário em que o comportamento do gerenciador de memória virtual seria relevante. O MongoDB está contando com o gerenciador de memória virtual do sistema operacional para gerenciar o cache - basicamente, está usando o cache do sistema de arquivos do SO.