Acho melhor evitar os caminhos relativos em scripts de ativação e outros. Se as coisas estão ficando confusas, é sempre melhor ser o mais explícito possível - então você não fica adivinhando "Eu me pergunto qual diretório o processo que executa este script pensa ser atual".
Isso também vale para qualquer coisa que esteja sendo executada pelo cron. O cron do ambiente em execução é diferente do ambiente em que você está executando como um usuário comum.