O valor por usuário é armazenado em HKCU\Software\Adobe\Acrobat Reader.0D
como um valor REG_SZ
denominado t3DPreferredRenderer
. Definir os dados para Software
selecionará o renderizador de software.
Você pode aplicar essa configuração usando extensões de cliente de preferência de diretiva de grupo com muita facilidade. Se você precisar de um método diferente (ADM, ADMX) atualize sua pergunta com mais informações.
Um exemplo de script simples também:
REG ADD "HKCU\Software\Adobe\Acrobat Reader.0D" /v "t3DPreferredRenderer" /t REG_SZ /d "Software" /f