Você precisa distinguir em qual gateway o pacote entrou para rotear a resposta pelo gateway correto. Isso geralmente é feito com vários endereços IP no host e usando o roteamento da política de origem para selecionar o gateway com base no endereço de origem dos pacotes de resposta. Estou assumindo que os gateways são conexões de Internet independentes e que as conexões de entrada estão sendo DNAT (ou encaminhadas pela porta) pelos gateways. Você precisa vincular endereços IP adicionais à máquina e configurar os gateways da DNAT para diferentes endereços, para que a máquina saiba a diferença.