A regra da maioria destina-se a evitar que vários nós únicos (isolados em pensamento) afirmem ser primários ao mesmo tempo. As estratégias para evitar isso dependerão da sua arquitetura.
Como alguns exemplos - você pode ter árbitros em cada data center ou zona para que você possa adicioná-los para formar a maioria, você pode reconfigurar o conjunto no caso de um "desastre" para incluir apenas 3 nós ao invés de 5 , permitindo assim que 2 formem uma maioria, etc. Ou, você pode reiniciar a única instância mongod restante (se tal coisa existir) como um standalone sem opções de réplica e usá-la dessa maneira até que você restaure seu set.
Ao projetar para recuperação de desastres ou failover em várias zonas, o importante é manter a regra da maioria em mente ao projetá-la.