Existem poucas postagens de fóruns com usuários relatando problemas semelhantes, e a resposta popular parece ser assim:
1) encontre e mate qualquer processo que mantenha o rpm db aberto;
lsof | grep /var/lib/rpm
2) e depois reconstruir o banco de dados, e reinicie a máquina ...
rm -fv /var/lib/rpm/__*
rpm --rebuilddb -v -v
sudo reboot
No entanto, se você já fez isso e não teve alegria, eu verificaria o seguinte e colaria o resultado em sua pergunta, ou em um pastebin etc ...
mostre todos os aliases em vigor que possam estar interferindo nas suas opções de invocação;
$ alias
alias cp='cp -i'
alias egrep='egrep --color=auto'
alias fgrep='fgrep --color=auto'
alias grep='grep --color=auto'
alias l.='ls -d .* --color=auto'
...
mostre o caminho em uso (se você vir um . lá, isso explicaria como você pode obter o CWD efetuando os resultados do comando);
$ echo $PATH
/usr/local/rvm/ge:/usr/:<snip>:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/opt/depot_too
Em seguida, liste todos os arquivos executáveis que possam estar ocultando os comandos nesse diretório;
ls -lh /home/tom/mydir
total 400K
drwxrwxr-x 7 tomh tomh 4.0K May 18 16:28 android
...some other stuff...
e
find /home/tom/mydir -executable
etc
fileXXX
mostre qual executável e em qual tipo os comandos estão sendo resolvidos em /home/tom/mydir e outside;
cd /home/tom/mydir
$ which rpm
/bin/rpm
$ type -a rpm
rpm is /bin/rpm
$ which grep
alias grep='grep --color=auto'
/bin/grep
$ type -a grep
grep is aliased to 'grep --color=auto'
grep is /bin/grep