Novos sistemas não notarão uma queda na velocidade geral. O efeito principal que eles terão será na RAM, onde tudo está carregado, mas mesmo isso dependerá do tipo de extensão que você está falando. Por exemplo, o relógio binário quase não terá efeito sobre o uso da CPU (velocidade de processamento) e muito pouco efeito na RAM.
Então, eu acho que minha resposta é não.
Você pode usar o Monitor do Sistema para garantir que as coisas não saiam do controle do gnome-shell.