A remoção do subsistema sftp é o que desativa o sftp. Tente adicionar a entrada novamente. Se ainda não funcionar depois de reiniciar o serviço ssh, atualize a questão com sua configuração do sshd.
Atualizar
A configuração que você forneceu não fornece o caminho completo, tente usar a versão comentada.
Subsystem sftp /usr/lib/openssh/sftp-server
Por exemplo, minha configuração tem
# grep sftp /etc/ssh/sshd_config
Subsystem sftp /usr/libexec/openssh/sftp-server
e se eu procurar pelo arquivo via locate, confirme que ele só está localizado lá.
# locate sftp-server
/usr/libexec/openssh/sftp-server
/usr/share/man/man8/sftp-server.8.gz