Você pode usar get-acl e set-acl no PowerShell para definir permissões em cada diretório recursivamente. Uma aposta melhor pode ser apenas restaurar a partir do backup.
Não existe um script "oh merda, eu não deveria ter feito isso", já feito sob medida para o seu ambiente. Se você não tiver um bom backup e não estiver familiarizado com scripts, então eu começaria a aprender rapidamente.