Desconectando
O ShrewSoft VPN não possui nenhum parâmetro de linha de comando para desconectar. A única alternativa simples é enviar um taskkill para o processo para fechar, por exemplo,
taskkill.exe /IM ipsecc.exe
Naturalmente, isso afetará todos os processos ipsecc caso você tenha várias VPNs ativas.
Início sem bloqueio
Você pode querer usar algo como o comando "start" para executar o comando ipsecc sem bloquear o processo em lote.
C:\Windows\system32>start /?
Starts a separate window to run a specified program or command.