Eu tive o mesmo tipo de problema (o cabeçalho Setcookie foi removido por mod_pagespeed, o que tornava as sessões impossíveis de usar).
No meu caso, isso foi causado pela função flush () no meu código PHP.
Aparentemente, mod_pagespeed apenas manteve os cabeçalhos definidos APÓS o último flush, descartando todos os cabeçalhos definidos antes: - /
Espero que isso possa ajudar ...