Primeiramente, você PRECISA de um desempenho extra, já que passar de um para o outro será demorado, arriscado até certo ponto e causará uma interrupção.
Aquele Xeon tem hyperthreading, então você pode pensar nele como sendo capaz de fazer oito coisas ao mesmo tempo, o mesmo que o Opteron. Normalmente eu sempre levaria uma Intel sobre uma AMD como em qualquer coisa, mas a Intel quase sempre comanda o mercado, mas há pelo menos um salto geracional entre o Xeon de 2009 e o muito moderno Opteron - e isso anula o "lead da Intel" I normalmente iria com.
Uma coisa é certa, a menos que você esteja com fome de memória ou use código que odeia hyperthreading, então não existe muito entre eles, embora se fosse um novo sistema eu provavelmente iria com o Opteron (ou seja, o fornecedor Xeon para um chip mais moderno).
Mas tudo se resume a se a diferença de desempenho geral de 0% -20% provavelmente vale a pena.