Estou assumindo que as associações de porta VLAN (e outros atributos de configuração) são as mesmas em ambos os edifícios, então? Eu nunca trabalhei com telefones 3Com, mas sua experiência de "construção A" soa como o que eu poderia ver ao conectar um telefone em uma porta que não tem uma "VLAN de voz" especificada.
O fato de funcionar depois de receber suas "atualizações" pode indicar que o novo firmware adiciona suporte ao LLDP (ou algo assim) que faz com que as portas do "edifício A" se tornem "aceitáveis" para o telefone ou o telefone apenas confirme a configuração da VLAN para NVRAM (obrigado @Robin Gill por correr minha memória sobre como os telefones fazem isso).
Eu começaria a tentar identificar as diferenças de configuração entre os prédios. Você também pode considerar farejar o tráfego de um telefone problemático quando conectado à rede "building A". Não há substituto para ver os pacotes no fio.