Minha aposta é que os arquivos em que os arquivos em /home/newuser/domains/joomlasite.com/public_html/ são de propriedade de root. Parece que você está usando o suPHP, que executará os arquivos PHP como o mesmo usuário que possui os arquivos. A restrição min_uid está lá para garantir que o suPHP não seja executado como root ou outro usuário do sistema inadvertidamente.
A correção mais rápida provavelmente será executar o seguinte:
chown -R newuser /home/newuser/domains/joomlasite.com/public_html/
A segunda parte do erro é por causa das permissões 777. A correção para isso provavelmente seria:
find /home/newuser/domains/joomlasite.com/public_html/ -type f -exec chmod 644 {} \+
Isso localizará todos os arquivos no diretório public_html e alterará as permissões para 644, o que é muito mais seguro que o 777 em um sistema compartilhado !! Se o comando acima lançar um erro, substitua o + por \;