Eu não sei quais métodos o Explorer está usando para calcular "tamanho no disco", mas se realmente levar em conta todos os clusters usados para a MFT, bem como os dados adicionais, você poderá ver o efeito de um arquivo crescendo ligeiramente maior que 2K (um cluster no seu exemplo) devido ao espaço ocupado pelos seus atributos adicionais ou fluxos alternativos.
O NTFS armazena a maioria das informações sobre um arquivo (com exceção do nome do arquivo, que é armazenado no diretório) na tabela de arquivos mestre (MFT). Isso inclui os vários carimbos de data / hora, as ACLs e até os próprios dados do arquivo (armazenados como o valor do atributo "data"), se forem pequenos o suficiente para caber no registro da MFT. O tamanho exato do registro da MFT é based on the cluster size of the file de acordo com a documentação e provavelmente é igual ao tamanho do cluster no seu caso . Portanto, se os metadados do seu arquivo forem muito grandes para tornar o atributo de dados adequado ao registro da MFT, um novo cluster de extensão é reservado para e um ponteiro é colocado dentro do registro MFT - neste momento, seu arquivo ocuparia pelo menos 2 clusters (ou 4K) de espaço em disco.
Você também não deve descartar a possibilidade de que o Explorer simplesmente esteja errado sobre o "tamanho no disco". Considere diminuir ainda mais o tamanho do cluster para 1K ou 512 bytes e verifique novamente.