As microinstâncias são uma verdadeira dor sempre que você quiser fazer algo com elas. Eles ficam sem cpu e ficam inacessíveis por alguns minutos sempre que você tem uma carga alta.
SimpleDB soa mais como uma escolha melhor para você se você não quiser rodar seu próprio banco de dados. Se você tem apenas uma página PHP simples com consultas para um banco de dados, você pode colocá-lo em uma série de sites de hospedagem barata em PHP.
Como uma observação: se você for instalar o MongoDB em uma micro instância, certifique-se de executá-lo em um sistema de 64 bits. Eu tive muitos erros estranhos vindo do MongoDB (alto uso de CPU quando o processo deveria estar inativo) quando usá-lo em uma micro instância de 32 bits.