suPHP provavelmente não está instalado.
Como você está usando instruções de carga condicional, o suPHP pode ter sido removido em uma atualização do Apache.
Eu não trabalho mais nas caixas DirectAdmin, mas sei que costumavam ser problemáticas com a substituição de configurações personalizadas.
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Confirme se o suPHP está realmente instalado no Apache. Use:
link
para listar os módulos internos do apache. Ou procure por uma instrução Load em sua configuração. Uma maneira rápida de testar é comentar as instruções de carga condicional e tentar reiniciar o Apache.
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Assegure-se de que o suPHP esteja ativado no domínio e que as especificações do usuário / grupo estejam corretas na configuração do httpd. (O que você postou parece ser bom.)
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Uma vez que o suPHP esteja habilitado, você pode simplesmente chown o diretório para o usuário correto.