O seu fuso horário está definido corretamente? Com o Linode (e a maioria dos kernels Xen), as DomUs receberão automaticamente seu tempo do Dom0. O Linode tem todos os hipervisores Dom0 rodando o ntpd, então o tempo deles deve ser preciso. Como tal, é provável que você só precisa definir seu fuso horário corretamente e tudo deve ser bom.
Se você quiser "desvincular" o relógio do seu VPS do relógio do host, defina o seguinte em /etc/sysctl.conf :
xen.independent_wallclock=1
Após essa alteração, você precisará reinicializar para que ela tenha efeito ou então execute o seguinte:
$ echo 1 > /proc/sys/xen/independent_wallclock
Além disso, se você ainda não tiver feito isso, defina o TZ corretamente em /etc/sysconfig/clock .