Supondo que você tenha o SELinux habilitado, ative o CGI com:
setsebool -P httpd_enable_cgi on
Isso pressupõe que o script seja carregado corretamente. Scripts Perl não rodam muito bem se eles são salvos em um formato DOS ou são enviados via modo binário via ftp. Se você não copiou o arquivo via ftp (mas sim scp ou sftp), converta o arquivo com:
dos2unix file_upload.pl