Estas não são mensagens de log do apache; eles são provavelmente CGI ou PHP (o que você usa).
apachectl configtest
não valida "os arquivos principais" - valida a configuração - tudo isso.
(arquivos .htaccess NÃO fazem parte da configuração .)
.htaccess falhas não são registradas como "arquivos" - eles apenas produzem um erro 500.