Você precisa estar ciente do que Munin realmente monitora.
Se Munin ler a frequência da CPU e usar o uso atual como uma porcentagem desse máximo físico, as leituras serão desativadas quando o hipervisor não atribuir o núcleo completo da CPU ao convidado.
Isso foi apenas um exemplo - a documentação do Munin (e a fonte do plugin) dirá exatamente o que é medido.