Tenha seus servidores em uma VLAN privada.
Se o seu servidor de aplicativos é 192.168.1.10 e seu servidor MySQL é 192.168.1.11 -
No servidor MySQL, faça uma instrução GRANT que forneça ao host do seu aplicativo PHP o acesso ao servidor MySQL. isto é, GRANT INSERT, SELECT no db. * do appuser@'192.168.1.10 'identificado por' password ';
Em seu código PHP, especifique o host do MySQL quando você criar a string de conexão:
$link = mysql_connect('192.168.1.11:3306', 'appuser', 'password');
Também precisa garantir que o seu my.cnf não tenha bind-address = 127.0.0.1, se não houver conexões remotas permitidas. Então comente isso.