Os maiores inconvenientes serão a falta de alguns recursos sendo suportados e a falta de suporte para a configuração; você vem perguntando por que o XYZ não funciona e no momento em que você diz que está usando o SAMBA para o seu domínio e que as pessoas vão desistir e dizer que é o problema, seja ele ou não.
Você também corre o risco de o próximo service pack da Microsoft quebrar algo na configuração.
Você não sabe quando há problemas de rede se é por causa de um bug no SAMBA ou se é um problema legítimo com sua configuração.
A longo prazo, é melhor usar o Windows Server real ou a edição do servidor de pequenas empresas (dependendo das necessidades de licenciamento) para serviços de diretório e manter o Ubuntu como seu servidor de arquivos, na minha opinião. Configurações não padronizadas podem funcionar e funcionar bem, mas somente se você estiver disposto a dedicar muito tempo extra à administração para aprender os detalhes, ficar por dentro dos relatórios de bugs e agüentar a manutenção extra necessária para executar essa configuração não padrão.
No sentido de manter uma organização funcionando com o mínimo de dores de cabeça e ser capaz de se concentrar em outros problemas do sistema, nove entre dez vezes eu iria com a abordagem mainstream.