O problema é que o seu objeto Indicator ( ind ) não é uma variável de classe, seu escopo é somente na função __init__ . Isso significa que está sendo destruído pela coleta de lixo do Python depois que sua classe termina de ser usada. Para corrigir isso, substitua ind por self.ind :
self.ind = appindicator.Indicator("jes_test_menu", "indicator-messages", appindicator.CATEGORY_APPLICATION_STATUS)
self.ind.set_status(appindicator.STATUS_ACTIVE)
self.ind.set_attention_icon("new-messages-green")
self.ind.set_menu(menu)