Você faz o fsck e restaura a partir do backup, se isso não consertar as coisas. Você poderia usar debugfs para modificar o sistema de arquivos para tornar os diretórios coisas novamente, mas honestamente você gastará muito mais tempo procurando cada problema e consertando-o (e como você obterá uma lista completa de tudo que está realmente quebrado?) do que você vai apenas restaurar a partir do backup. Assumindo que o dano está limitado a bits do modo de inversão; se houver corrupção real de arquivos, todas as apostas serão desativadas.