Devo avisá-lo, a sincronização da raiz do sistema de arquivos, como você está no seu exemplo, é perigosa (você irá substituir arquivos específicos do sistema que provavelmente não devem ser sobrescritos) e provavelmente será muito lenta (o rsync deve construir um lista de arquivos andando toda a estrutura da árvore).
Seu comando rsync deve especificar uma origem e um destino.
no servidorA:
rsync -avze ssh / root@serverB:/
O aviso da chave do host RSA que você vê indica que, em algum momento, o root @ ServerA sabia sobre o ServerB e o endereço IP do ServerB foi alterado desde então. O SSH avisa isso porque você pode estar inadvertidamente enviando / fazendo proxy dos seus dados através de um sistema nocivo. Se tiver certeza de que não está, você pode simplesmente remover a chave do host ofensor editando /root/.ssh/known_hosts e removendo a linha antiga do ServerB.
O outro erro que você recebe do rsync (sobre arquivos desaparecidos) significa que no tempo que o rsync levou para gerar sua lista de arquivos incrementais e realmente enviar o conteúdo de um desses arquivos, um ou mais desses arquivos desapareceram (excluídos / se mudou). Isso pode acontecer quando você está sincronizando de um sistema de arquivos não-somente leitura / instantâneo. Para o tipo de sincronização que você está fazendo, seria ideal se o seu sistema de arquivos ou gerenciador de volume suportasse snapshots para que você pudesse tirar um instantâneo do sistema de arquivos em um momento e sincronizá-lo, sem se preocupar com arquivos sendo excluídos ou movidos durante a sincronização.