Você deve poder usar as opções "Filtro de listagem de diretórios" (Exibir > Filtros de nome de arquivo). Uma das opções são os filtros SVN e CVS, que excluem esses arquivos da listagem.
Um teste rápido em alguns dos meus arquivos mostra que, se você arrastar uma pasta contendo pastas .svn para o host remoto, os arquivos serão transferidos, mas não o .svn ou seu conteúdo.
Você pode encontrar mais informações sobre filtros em: link