O grupo compartilhado é uma maneira como outras pessoas já responderam.
Uma alternativa mais complexa seria usar um sistema de controle de revisão de origem como CVS, Subversion, GIT, etc. Então, uma única página cgi de administração, rodando como o servidor web, pode atualizar todos os arquivos modificados no servidor. Isso também garante que você tenha um backup do arquivo anterior antes de sobrescrevê-lo, dado que o controle de origem é imposto.
Faça o que fizer, aprenda e use o SSH e o SCP, não o FTP. O FTP deve ser usado para a conveniência de seus usuários, se for absolutamente necessário, não para administração do sistema.