Você quer dizer florestas diferentes? Domínios diferentes dentro da mesma floresta não devem ter problemas.
Você não diz qual operação está tentando realizar. Como você abriu as permissões de fila, não será um send (). Espero, portanto, que você esteja tentando ler a partir da fila que usa o protocolo RPC e tenha um grupo diferente de obstáculos de segurança.
Compreender como MSMQ segurança bloqueia o tráfego RPC
MSMQ entre florestas ? Você precisa confiar