Você pode colocar seu DocumentRoot
onde quiser, sem restrições especiais.
Como indicado pela mensagem de erro, seu problema é apenas com file & direitos de diretórios.
O usuário do apache deve ser capaz de acessar essas documentRoots e ler arquivos lá. Então você deve ajustar várias coisas:
- verifique se o usuário ou grupo do apache tem acesso de leitura nos diretórios e arquivos dentro desse diretório
- verifique se ele está executando corretamente em todos os diretórios dos pais
- verifique se você não tem o SELinux ou essas ferramentas de segurança adicionando mais algumas restrições (verifique os logs do apache e do sistema)