Desde que você tenha criado o arquivo .htpasswd corretamente, o único problema que vejo com o seu segmento de configuração é o caminho auth.require - este deve ser o caminho de url relativo que você está tentando proteger, não o caminho absoluto do sistema de arquivos. Tente isto:
auth.require = ( "/ispgen" =>
Você pode precisar colocar isso dentro de um $ HTTP ["host"] apropriado em seu lighttpd.conf.
Boa sorte!