O Firefox geralmente lê suas configurações de ~/.mozilla/firefox , portanto, se você tiver as configurações em um local compartilhado, depois que a pasta for criada, o Firefox ignorará as configurações compartilhadas. O que você poderia fazer, no entanto, é dar uma olhada no addon xulet-ubufox usado pelo Ubuntu para modificar as configurações do Firefox (é instalado por padrão), e veja como isso é feito.
Outra opção, se os sistemas ainda não tiverem contas de usuário configuradas (ou se você puder recriar as contas), é colocar uma pasta ~/.mozilla/firefox personalizada em /etc/skel . Isso será copiado para todas as novas contas.
Uma terceira opção, possivelmente mais fácil, é criar os padrões personalizados, empacotá-los em um deb que aponte para algum local compartilhado como /usr/share/firefox-defaults e depois copiar essas configurações na inicialização (dos perfis de usuário) para ~/.mozilla/firefox . Não conheço todos os detalhes técnicos de como realizar isso, mas acredito que seja possível fazer isso adicionando algo a /etc/rc.local
Outra maneira de obter esse ~/.mozilla/firefox reinicializado em cada login poderia ser fazendo um 'login-script', ativado pelo módulo pam-script. Veja aqui para mais informações sobre como usá-lo.