Eu configurei alguns scripts de shell para automatizar um pouco a criação de novos usuários, hosts virtuais Apache, etc., mas imagino que os provedores de hospedagem compartilhada usem algo como CPanel / WHM ou alguma automação doméstica.
EDITAR
Parece que existem algumas alternativas de código aberto para CPanel lá fora agora. Não tentei nenhum, esperamos que outro usuário de SF possa falar sobre qualidade:
Mais aqui, pode ser datado: link