Em que contexto?
A partir do PoV de um gerenciador de data center, as VMs permitem um melhor uso do hardware e um consumo de energia mais eficiente.
As VMs permitem o envio rápido de recursos adicionais para lidar com mais carga. Muitas vezes, as VMs não têm a mesma integração com o hardware que as caixas de metal descobertas ... principalmente quando se trata de determinados drivers de dispositivos brutos de banco de dados.
As VMs permitem uma segmentação melhor da funcionalidade ... você pode ter uma VM com seu front-end da Web, outra com a lógica de negócios (JEE ou qualquer outra) e uma terceira com o back-end do banco de dados. Isso proporcionaria maior flexibilidade, pois a migração de servidores é muito mais fácil do que se o sistema operacional fosse instalado em um servidor de hardware.