Se você tiver acesso a ferramentas da Microsoft, o Visual Studio Team Edition para profissionais de banco de dados é uma ótima ferramenta. Ele fornece um excelente IDE para projetar e visualizar esquemas de bancos de dados, comparação e fusão de dados, comparação e fusão de esquemas e um gancho em um sistema de controle de origem (TFS ou outra coisa) para controle de versão.
Também possui saída configurável com base no tipo de servidor para o qual você está implantando: dev, test, staging, prod call, diferentes configurações e segurança pré-configurada para implantação.
O Visual Studio é caro se você não o estiver usando para mais nada, e você não tem uma assinatura do MSDN, mas é uma ótima ferramenta.
HTH