No 12.04, você deve ser capaz de alternar esse comportamento através da entrada do banco de dados gconf para nm-applet , usando o comando gconftool (ou gconftool-2 )
gconftool --set /apps/nm-applet/disable-disconnected-notifications --type bool true
Você provavelmente também desejará desativar a notificação conectada correspondente
gconftool --set /apps/nm-applet/disable-connected-notifications --type bool true
Você pode verificar as configurações atuais usando
gconftool -a /apps/nm-applet
Para aqueles que buscam uma resposta para versões posteriores do Ubuntu, a @Jos confirmou que em 14.04 as configurações foram migradas para o banco de dados principal dconf em /org/gnome/nm-applet e podem ser alternadas usando a ferramenta dconf-editor da GUI. A modificação via CLI deve ser possível usando gsettings .