mysqldump é a ferramenta certa para você, basta fazer um script e apenas agendá-lo.
mysqldump -u root -ppassword --all-databases > mybackup.sql
Recomende uma boa ferramenta. Ele não precisa ser cheio de recursos, ele só precisa ser confiável. Embora ambos sejam impressionantes.
www.mysqlbackuptool.com Eu fiz isso e usei no servidor MS 2003