Sim, você pode. Funciona muito bem.
Você precisará de duas máquinas que executam o MSMQ para ser o Windows Enterprise Edition (estou assumindo 2008 ou 2008 R2 para o sistema operacional?). Instale os componentes de cluster. Você precisará de algum armazenamento compartilhado, seja em armazenamento compartilhado iSCSI ou SCSI3 apresentado a partir do VMware. Se você fizer o armazenamento compartilhado SCSI3 a partir do host, será necessário configurar os discos compartilhados em seu próprio controlador SCSI com ele configurado para compartilhamento.
Instale o MSMQ nos dois nós do cluster. Abra o gerenciador de cluster de failover criar um novo serviço e adicione um recurso do MSMQ sob ele. Clique com o botão direito do mouse no serviço e selecione gerenciar o MSMQ para criar as filas necessárias. Você precisará de um nome e endereço IP para conectividade.