Para tabelas InnoDB, a transação única assegurará que o despejo de cada tabela seja consistente, mas não necessariamente será consistente com as outras tabelas, já que ele bloqueia e despeja um de cada vez, em vez de travá-los todos para a duração do despejo. E você, é claro, terá atrasado as gravações aguardando a liberação do bloqueio se você tentar escrever em uma tabela enquanto está sendo despejado.
Uma aposta melhor é usar um LVM ou sistema de arquivos que permita tirar instantâneos e, em seguida, bloquear todo o banco de dados por um período suficientemente longo para fazer um instantâneo, o que você pode fazer em seu próprio ritmo.