Existem dois problemas aqui. Primeiro, o servidor apache agora está rodando no grupo raiz (0) quando estava rodando em qualquer grupo 1015, então claramente alguma coisa mudou lá. O Apache tem opções de configuração para especificar em qual usuário e grupo ele é executado, a opção "Grupo" foi alterada ou removida.
Segundo, em relação às permissões, é possível que elas não tenham "mudado" nada ... elas nunca definiram uma umask específica em primeiro lugar. O Apache usa o umask do usuário que o inicia, então, bem no começo, o umask provavelmente era 0022 (poderia ser 0033). Quando eles reiniciaram para mudar a configuração do Grupo, sua umask provavelmente era 0077 (ou 0066). Da mesma forma, o PHP usa o umask do Apache. Explicando umask leva um pouco de trabalho: Basicamente, umask "desabilita" bits de permissão do modo de arquivo. A maioria dos programas tenta criar arquivos no modo rw-rw-rw e diretórios no modo rwxrwxrwx. Com umask bastante normal de 0022 (---- w- w-), esses bits seriam deletados e você terminaria com os diretórios rw-r -r-- e rwxr-xr-x. Com um umask de 0077 (--- rwxrwx) esses arquivos seriam rw ------- e diretórios rwx ------. Na matemática binária, o modo final do arquivo é (mode & !umask) (limitado aos bits de permissão normais, não suid / sgid / sticky, que umask não afeta).
Além de fazer com que o host encerre e reinicie o servidor da Web com sua umask desejada, você pode chmod tudo sozinho ou chamar umask (0022) no seu arquivo de configuração central (observe o aviso lá sugerindo que você use o chmod () em vez dos servidores multithread).