Experimente:
sed 's|\(.\+\)\(</pre>\)$|\n|;t;N;\|\n</pre>$|s|^[[:blank:]]*\n||;P;D' inputfile
O resultado:
something1
something2
something3
</pre>
something4
something5
######################################
something1
something2
something3
</pre>
something4
something5
Observe que as duas instâncias de </pre>
estão em uma linha sozinhas sem uma linha em branco precedente.
Editar: Corrigido um problema com a exclusão das linhas erradas.