Acabei fazendo isso funcionar desativando temporariamente o antivírus (Symantec Endpoint 11). Acredito que este foi apenas um conflito entre o Endpoint e o instalador porque não havia nada nos logs do antivírus que indicava que o Endpoint estava vendo o CutePDF como uma ameaça. Desativar temporariamente o AV funcionou em todas as seis máquinas que eu tive que fazer a instalação.