O GTK + 2 ainda estará disponível em 11.10. Portanto, deve ser deixado ao critério do mantenedor do pacote. Se a versão do GTK + 3 for considerada estável o suficiente, provavelmente seria uma boa ideia ativá-la. Até onde sei, o objetivo é que todos os aplicativos na instalação padrão sejam portados para o GTK + 3 a tempo para a versão 12.04 LTS. Embora o GTK + 2 provavelmente permanecerá no universo por algum tempo.
Alguns desses trabalhos podem ser rastreados na página wiki Release Status da Equipe Desktop.