Não há nada errado com o seu comando (exceto uma porta ausente, que o wget pode manipular).
Como você está verificando seus arquivos locais são os mesmos que os remotos? Você pode tentar recuperar um arquivo problemático com cURL para comparação. Se você está certo de que eles são diferentes, então eu suspeito que é algo a ver com o servidor FTP.
Verifique:
- os registros de transferência do servidor FTP - as transferências estão listadas como completas?
- na saída do wget: o cabeçalho Length é retornado ou você vê Comprimento: não especificado
- quaisquer erros na saída do wget