Você pode criar uma máquina virtual VMware localmente e depois exportar essa imagem para o EC2. O VMware permitirá que você instale e personalize seu sistema operacional - para que você possa instalar seus bancos de dados, etc.
Com a maioria dos sistemas operacionais, você precisaria exportar a máquina virtual para um formato que o EC2 reconheça (seja convertendo o VMDK para bruto e, em seguida, empacotando a imagem OR agrupando o volume a partir da VM)
Com as máquinas virtuais do Windows Server 2008, o AWS suporta uma importação direta da máquina virtual. Consulte a página Importação de VM da AWS para obter detalhes.
Você deve poder fazer modificações adicionais depois que o servidor tiver sido importado, se necessário.