Bem, é bem simples.
No Windows 2003, faça login como administrador, abra a ferramenta no painel de controle e, na terceira seção, marque "aplicar isso a todos os usuários" (depois de alterá-lo para o que você precisa).
Após a reinicialização, qualquer usuário que fizer login ou qualquer conta que execute um serviço será executado com a mesma configuração que você configurou.
Suponho que em 2000 funcionará também, eles são semelhantes.