Isso é quase um FAQ, mas eu não consegui (rapidamente) encontrar outra resposta, então:
Você quer a indicação do nome do servidor, também conhecida como SNI. A teoria está no link , a prática para o Apache está em link .
O problema é que ele requer um apache razoavelmente moderno, um SSL bastante moderno e (isso é o assassino) suporte ao navegador. Leia essas duas páginas e você deve saber se o SNI é adequado para você.
Se não estiver, reitere a questão do mod_rewrite.