Se você tiver problemas para abrir qualquer pasta e, portanto, não pode usar "RightClick (Documentos) > Abrir com outro aplicativo ... > Navegador de arquivos", você pode usar isso na linha de comando
mimeopen -d ~/Downloads/
Você terá opções de opções relacionadas aos diretórios. O Nautilus será o número 1 nessa lista:
Please choose a default application for files of type inode/directory
1) Open Folder (nautilus-folder-handler)
2) Other...
Certifique-se de que diz inode / directory e não inode / mount !
Após escolher 1, todas as pastas serão abertas pelo Nautilus.
É claro que esta lista terá mais opções quando você tiver mais gerenciadores de arquivos instalados.