Se a sua AMI estiver em um volume suportado pelo EBS, você deve ter um sistema de arquivos raiz persistente! Você pode esclarecer o que você quer dizer com "cada vez", porque seu problema não faz sentido.
Normalmente, em um sistema em que você tinha usuários ou configurações de software, você obteria todas essas configurações, elas seriam religadas (para instâncias suportadas efêmeras) ou instantâneas (para instâncias suportadas pelo EBS) em uma nova AMI e, em seguida, usariam essa base AMI para iniciar qualquer nova instância que você precisar, a partir de onde quer que você configure sua AMI base, incluindo quaisquer usuários, software e configurações que você tenha nela no momento do agrupamento / snapshot.
Para sistemas que você sempre quis começar a partir de uma AMI de ações de algum tipo, você normalmente não teria muito em termos de usuários e outros, mas qualquer modificação do sistema como essa que você teria embutido em um script passado no momento da inicialização que criaria qualquer usuário necessário, instalaria qualquer software necessário, baixaria seu aplicativo, executaria o que quer que a máquina devesse fazer e depois desligaria.
Não parece que esse é o seu caso de uso. Se você tem usuários e outras coisas, parece que você precisa configurar sua própria AMI para usar como uma base, reabastecendo / snapshot após ter configurado a sua preferência.