AFAIK você pode executar:
Para ver qual segmento é, então mate-o:
KILL [CONEXÃO | QUERY] thread_id;
During ALTER TABLE, the kill flag is checked before each block of rows are read from the original table. If the kill flag was set, the statement is aborted and the temporary table is deleted.
Sobre os efeitos colaterais, não serei capaz de dizer exatamente o que poderia acontecer.